Com certificado e senha em mãos, instale o .PFX.

Durante a instalação configurar no repositorio para a pasta de certificados pessoais:

Após é indicado fazer uma manutenção na lista de certificados presentes no gestor, para isto abra o certmgr.msc

Apagar todos os certificados vencidos:

Com o PJEOFFICE PRO instalado configure-o para atender aos certificados do Windows da Seguinte forma:

Obs: Caso não instalado seguir o tutorial: Instalando o pjeoffice pro.

Feito isso só confirmar e acessar o PJE do tribunal desejado.