O EngeFinanceiro só aceita baixar contas a receber com documentos que tenham baixa automática.

Caso seja baixado com documento de baixa manual, a conta permanece da forma que está e é gerado apenas a entrada do valor no caixa.

Se for o caso por exemplo de baixar uma conta com cartão de crédito (que tem baixa manual), o processo correto é fazer a renegociação da divida.